Jean Vacelet est Directeur de Recherches émérite au CNRS, c'est-à-dire qu'il est retraité, mais conserve le droit de travailler dans son laboratoire, le Centre d'Océanologie de Marseille - Station Marine d'Endoume.
Dès le début de ses travaux, en 1956, après des études à la Faculté des Sciences de Marseille et une initiation à la plongée en 1954, il s'est spécialisé dans l'étude des Spongiaires à la Station Marine d'Endoume. Il est resté fidèle à ce laboratoire et à ce sujet de recherche pendant maintenant un demi-siècle.
Ses travaux ont porté sur presque tous les aspects de la science des Éponges. La taxonomie a été étudiée surtout en Méditerranée, mais aussi dans les mers tropicales, océans Indien et Pacifique, à l'occasion de diverses missions, dont les premières sur la Calypso, plongées en sous-marins et séjour en habitat sous-mariné. L'étude de leur biologie, l'association avec des bactéries, la reproduction, l'anatomie, leur place dans l'évolution des animaux pluricellulaires, leur écologie, ont été les principaux centres d'intérêt.
Les grottes sous-marines, explorées avec la complicité de Jacques Laborel et de Jo Harmelin dès 1958, ont révélé l'existence de « fossiles vivants », survivantes des récifs non pas coralliens, mais à éponges, datant de très anciennes périodes géologiques, et aussi des inattendues éponges carnivores.
Il a publié en 1987 avec Jo Harmelin et Christian Pétron le superbe ouvrage « Méditerranée vivante ».
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