L'Histoire du Muséum commence en mai 1635, date à laquelle un édit royal crée le Jardin royal des plantes médicinales. Plus d'un siècle et demi plus tard, le 10 juin 1793, un décret de la Convention donne naissance au Muséum d'histoire naturelle devenu ultérieurement Muséum national d'Histoire naturelle. À la fois établissement scientifique et service public, tourné vers la recherche et la diffusion des connaissances, le Muséum assume 5 grandes missions fondatrices qui régissent et nourrissent l'ensemble de ses activités : Recherche fondamentale et appliquée, Gestion et conservation des collections, Enseignement et pédagogie, Diffusion des connaissances, et enfin Expertise.
Au sein du Muséum, le Service du Patrimoine Naturel développe la mission d'expertise confiée au Muséum pour la connaissance et la conservation de la nature. Il a vocation à couvrir l'ensemble de la thématique biodiversité (faune/flore/habitats) et géodiversité au niveau français (terrestre, marine, métropolitaine et ultra-marine). Il est chargé de la mutualisation et de l'optimisation de la collecte, de la synthèse et la diffusion d'informations sur le patrimoine naturel. Placé à l'interface entre la recherche scientifique et les décideurs, il travaille de façon partenariale avec l'ensemble des acteurs afin de pouvoir répondre à la mise en œuvre de l'Inventaire National du Patrimoine Naturel, mission confiée au Muséum par le code de l'environnement (L411-5) en tant que Centre National de référence sur la biodiversité. Il assure sa validation scientifique.
Le 21/12/2011, le MNHN a signé une Convention de partenariat avec la FFESSM, dont l'objectif est de partager et diffuser les connaissances sur les espèces marines et d'eau douce de France métropolitaine et d'outre-mer, et ainsi de contribuer à la conservation de la biodiversité marine et dulcicole. Les données collectées par le programme DORIS sont ainsi validées, valorisées et diffusées par l'INPN.
