Chez les Mollusques, tube musculeux permettant de faire entrer ou d'expulser l'eau de la cavité palléale.
Chez les Tuniciers, il s'agit des deux orifices présents : l'orifice buccal, inhalant, qui peut être contracté et obturé par des muscles et le siphon cloacal, orifice exhalant permettant d'expulser eau, fèces et produits génitaux.
Chez les algues vertes, un siphon est une unité anatomique, généralement d'allure filamenteuse ou vésiculaire, limitée par une membrane cytoplasmique. Il est assimilable à une cellule géante pourvue d'une mince couche de cytoplasme, multinucléée, collée à la paroi, et d'une grande vacuole centrale.