Une espèce ingénieur est une espèce capable de modifier profondément et durablement son habitat.
C'est le cas par exemple des coraux hermatypiques (bâtisseurs de récifs), des algues Corallinales du coralligène ou des trottoirs calcaires, mais également des algues qui modifient localement l'hydrodynamisme et facilitent la sédimentation (prairies sous-marines), des organismes foreurs qui peuvent créer des micro-habitats tout en fragilisant la roche...
