n.m. (du grec [endo-] = à l'intérieur ; et [karpos] = fruit, graine. Donc "le fruit à l' intérieur").
Botanique : partie du fruit provenant de l'épiderme interne des carpelles (parties des fleurs qui se transformeront en fruits après fécondation). Par exemple, la membrane de l'endocarpe constituera le noyau d'une cerise ou l'écorce en bois de la noix.
Tuniciers : chez certaines Ascidies (Pyuridés, Styelidés...), les endocarpes se trouvent sur la face interne du manteau, au niveau de l'atrium. On connaît encore mal la destination de ces vésicules pariétales et l'on suppose qu'elles jouent un rôle dans la reproduction.