En biologie, un complexe d'espèces est un groupe d'organismes apparentés qui se ressemblent tellement qu'il est difficile de les distinguer par leur seule apparence.
En botanique, l'expression est encore plus précise puisqu'un complexe d'espèces rassemble des plantes qui peuvent, naturellement, échanger des gênes par hybridation, soit directement, soit via des plantes intermédiaires.